Jenazah Habib Ali bin Abdurrahman Assegaf tiba di rumah duka di Jalan Tebet Utara II, Tebet , Jakarta Selatan, pada Jumat malam, 15 Januari 2021. Isak tangis jemaah menyambut kedatangan jenazah Habib Ali.

Dikutip dari Vivadi lokasi pada pukul 20.00 WIB, mobil ambulans datang membawa jenazah Habib Ali. Ratusan orang pelayat menyambut sambil mengumandangkan zikir. Habib Ali wafat pada Jumat sore, 15 Januari 2021, saat dirawat di Rumah Sakit Holistik, Purwakarta, Jawa Barat. Kabar ini diberitakan melalui pesan WhatsApp salah satu jemaah Habib Ali.

Habib Ali merupakan sosok ulama yang kharismatik. Banyak tokoh nasional yang kerap menemuinya, seperti Wakil Presiden Ma'ruf Amin. Pada saat masih menjadi calon wakil presiden pemilu tahun 2019, Ma'ruf bersilaturrahmi ke rumah Habib Ali.

Ada juga Menteri Dalam Negeri Tito Karnavian. Saat itu, pada Februari 2018, waktu menjabat kepala Polri, Tito berkunjung dan bersilaturahmi ke kediaman Habib Ali.

Habib Rizieq Shihab juga mengakui bahwa Habib Ali merupakan gurunya. Habib Ali menjadi sosok pertama yang ditemui Habib Rizieq sepulang dari Arab Saudi.